Package Bio :: Package SubsMat :: Module MatrixInfo
[show private | hide private]
[frames | no frames]

Module Bio.SubsMat.MatrixInfo

A whole bunch of substitution matrices for use in alignments, etc.

The info on this page was obtained from:
    http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/mlist1.html
and was extracted using the code in 'get_matrices.py.'

Variable Summary
list available_matrices = ['benner6', 'benner22', 'benner74',...
dict benner22 = {('W', 'L'): -1.8, ('G', 'G'): 6.200000000000...
dict benner6 = {('W', 'L'): -3.0, ('G', 'G'): 5.7999999999999...
dict benner74 = {('W', 'L'): -0.90000000000000002, ('G', 'G')...
dict blosum100 = {('B', 'N'): 4, ('W', 'L'): -4, ('G', 'G'): ...
dict blosum30 = {('B', 'N'): 4, ('W', 'L'): -2, ('G', 'G'): 8...
dict blosum35 = {('B', 'N'): 4, ('W', 'L'): 0, ('G', 'G'): 7,...
dict blosum40 = {('B', 'N'): 4, ('W', 'L'): -1, ('G', 'G'): 8...
dict blosum45 = {('B', 'N'): 4, ('W', 'L'): -2, ('G', 'G'): 7...
dict blosum50 = {('B', 'N'): 4, ('W', 'L'): -2, ('G', 'G'): 8...
dict blosum55 = {('B', 'N'): 4, ('W', 'L'): -2, ('G', 'G'): 8...
dict blosum60 = {('B', 'N'): 3, ('W', 'L'): -2, ('G', 'G'): 6...
dict blosum62 = {('B', 'N'): 3, ('W', 'L'): -2, ('G', 'G'): 6...
dict blosum65 = {('B', 'N'): 3, ('W', 'L'): -2, ('G', 'G'): 6...
dict blosum70 = {('B', 'N'): 3, ('W', 'L'): -2, ('G', 'G'): 6...
dict blosum75 = {('B', 'N'): 3, ('W', 'L'): -2, ('G', 'G'): 6...
dict blosum80 = {('B', 'N'): 4, ('W', 'L'): -2, ('G', 'G'): 6...
dict blosum85 = {('B', 'N'): 4, ('W', 'L'): -3, ('G', 'G'): 6...
dict blosum90 = {('B', 'N'): 4, ('W', 'L'): -3, ('G', 'G'): 6...
dict blosum95 = {('B', 'N'): 4, ('W', 'L'): -3, ('G', 'G'): 6...
dict feng = {('W', 'L'): 4, ('G', 'G'): 6, ('D', 'G'): 4, ('E...
dict fitch = {('R', 'I'): 2, ('W', 'L'): 1, ('S', 'N'): 2, ('...
dict genetic = {('W', 'L'): -0.29999999999999999, ('G', 'G'):...
dict gonnet = {('W', 'L'): -0.69999999999999996, ('G', 'G'): ...
dict grant = {('W', 'L'): 121, ('G', 'G'): 215, ('E', 'S'): 1...
dict ident = {('W', 'L'): -1, ('G', 'G'): 6, ('D', 'G'): -1, ...
dict johnson = {('R', 'I'): -5.4000000000000004, ('W', 'L'): ...
dict levin = {('W', 'L'): 0, ('G', 'G'): 2, ('S', 'N'): 0, ('...
dict mclach = {('R', 'I'): 1, ('S', 'W'): 3, ('W', 'L'): 3, (...
dict miyata = {('F', 'H'): -1.3799999999999999, ('W', 'L'): -...
dict nwsgappep = {('R', 'I'): -0.29999999999999999, ('W', 'L'...
dict pam120 = {('B', 'N'): 3, ('W', 'L'): -3, ('G', 'G'): 5, ...
dict pam180 = {('B', 'N'): 3, ('W', 'L'): -3, ('G', 'G'): 6, ...
dict pam250 = {('B', 'N'): 2, ('W', 'L'): -2, ('G', 'G'): 5, ...
dict pam30 = {('B', 'N'): 6, ('W', 'L'): -6, ('G', 'G'): 6, (...
dict pam300 = {('B', 'N'): 2, ('W', 'L'): -2, ('G', 'G'): 5, ...
dict pam60 = {('B', 'N'): 5, ('W', 'L'): -4, ('G', 'G'): 6, (...
dict pam90 = {('B', 'N'): 4, ('W', 'L'): -3, ('G', 'G'): 5, (...
dict rao = {('R', 'I'): 4, ('W', 'L'): 11, ('G', 'G'): 16, ('...
dict risler = {('R', 'I'): 1.3999999999999999, ('W', 'L'): -0...
dict structure = {('W', 'L'): -1, ('G', 'G'): 5, ('D', 'G'): ...

Variable Details

available_matrices

Type:
list
Value:
['benner6',
 'benner22',
 'benner74',
 'blosum100',
 'blosum30',
 'blosum35',
 'blosum40',
 'blosum45',
...                                                                    

benner22

Type:
dict
Value:
{('D', 'G'): 0.69999999999999996,
 ('E', 'S'): -0.5,
 ('G', 'G'): 6.2000000000000002,
 ('H', 'E'): -0.20000000000000001,
 ('I', 'R'): -3.2000000000000002,
 ('K', 'G'): -1.0,
 ('W', 'L'): -1.8,
 ('W', 'R'): -1.1000000000000001,
...                                                                    

benner6

Type:
dict
Value:
{('D', 'G'): 0.80000000000000004,
 ('E', 'S'): -1.2,
 ('G', 'G'): 5.7999999999999998,
 ('H', 'E'): -0.20000000000000001,
 ('I', 'R'): -3.7999999999999998,
 ('K', 'G'): -1.3999999999999999,
 ('W', 'L'): -3.0,
 ('W', 'R'): 2.0,
...                                                                    

benner74

Type:
dict
Value:
{('D', 'G'): 0.20000000000000001,
 ('E', 'S'): 0.10000000000000001,
 ('G', 'G'): 6.5999999999999996,
 ('H', 'E'): 0.20000000000000001,
 ('I', 'R'): -2.6000000000000001,
 ('K', 'G'): -1.1000000000000001,
 ('W', 'L'): -0.90000000000000002,
 ('W', 'R'): -1.6000000000000001,
...                                                                    

blosum100

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 4,
 ('G', 'G'): 6,
 ('K', 'G'): -3,
 ('S', 'E'): -1,
 ('W', 'L'): -4,
 ('X', 'D'): -3,
 ('X', 'M'): -2,
 ('X', 'S'): -1,
...                                                                    

blosum30

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 4,
 ('G', 'G'): 8,
 ('K', 'G'): -1,
 ('S', 'E'): 0,
 ('W', 'L'): -2,
 ('X', 'D'): -1,
 ('X', 'M'): 0,
 ('X', 'S'): 0,
...                                                                    

blosum35

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 4,
 ('G', 'G'): 7,
 ('K', 'G'): -1,
 ('S', 'E'): 0,
 ('W', 'L'): 0,
 ('X', 'D'): -1,
 ('X', 'M'): 0,
 ('X', 'S'): 0,
...                                                                    

blosum40

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 4,
 ('G', 'G'): 8,
 ('K', 'G'): -2,
 ('S', 'E'): 0,
 ('W', 'L'): -1,
 ('X', 'D'): -1,
 ('X', 'M'): 0,
 ('X', 'S'): 0,
...                                                                    

blosum45

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 4,
 ('G', 'G'): 7,
 ('K', 'G'): -2,
 ('S', 'E'): 0,
 ('W', 'L'): -2,
 ('X', 'D'): -1,
 ('X', 'M'): -1,
 ('X', 'S'): 0,
...                                                                    

blosum50

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 4,
 ('G', 'G'): 8,
 ('K', 'G'): -2,
 ('S', 'E'): -1,
 ('W', 'L'): -2,
 ('X', 'D'): -1,
 ('X', 'M'): -1,
 ('X', 'S'): -1,
...                                                                    

blosum55

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 4,
 ('G', 'G'): 8,
 ('K', 'G'): -2,
 ('S', 'E'): -1,
 ('W', 'L'): -2,
 ('X', 'D'): -1,
 ('X', 'M'): -1,
 ('X', 'S'): -1,
...                                                                    

blosum60

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 3,
 ('G', 'G'): 6,
 ('K', 'G'): -1,
 ('S', 'E'): 0,
 ('W', 'L'): -2,
 ('X', 'D'): -1,
 ('X', 'M'): -1,
 ('X', 'S'): 0,
...                                                                    

blosum62

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 3,
 ('G', 'G'): 6,
 ('K', 'G'): -2,
 ('S', 'E'): 0,
 ('W', 'L'): -2,
 ('X', 'D'): -1,
 ('X', 'M'): -1,
 ('X', 'S'): 0,
...                                                                    

blosum65

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 3,
 ('G', 'G'): 6,
 ('K', 'G'): -2,
 ('S', 'E'): 0,
 ('W', 'L'): -2,
 ('X', 'D'): -1,
 ('X', 'M'): -1,
 ('X', 'S'): -1,
...                                                                    

blosum70

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 3,
 ('G', 'G'): 6,
 ('K', 'G'): -2,
 ('S', 'E'): 0,
 ('W', 'L'): -2,
 ('X', 'D'): -2,
 ('X', 'M'): -1,
 ('X', 'S'): -1,
...                                                                    

blosum75

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 3,
 ('G', 'G'): 6,
 ('K', 'G'): -2,
 ('S', 'E'): 0,
 ('W', 'L'): -2,
 ('X', 'D'): -2,
 ('X', 'M'): -1,
 ('X', 'S'): -1,
...                                                                    

blosum80

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 4,
 ('G', 'G'): 6,
 ('K', 'G'): -2,
 ('S', 'E'): 0,
 ('W', 'L'): -2,
 ('X', 'D'): -2,
 ('X', 'M'): -1,
 ('X', 'S'): -1,
...                                                                    

blosum85

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 4,
 ('G', 'G'): 6,
 ('K', 'G'): -2,
 ('S', 'E'): -1,
 ('W', 'L'): -3,
 ('X', 'D'): -2,
 ('X', 'M'): -1,
 ('X', 'S'): -1,
...                                                                    

blosum90

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 4,
 ('G', 'G'): 6,
 ('K', 'G'): -2,
 ('S', 'E'): -1,
 ('W', 'L'): -3,
 ('X', 'D'): -2,
 ('X', 'M'): -1,
 ('X', 'S'): -1,
...                                                                    

blosum95

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 4,
 ('G', 'G'): 6,
 ('K', 'G'): -3,
 ('S', 'E'): -1,
 ('W', 'L'): -3,
 ('X', 'D'): -2,
 ('X', 'M'): -2,
 ('X', 'S'): -1,
...                                                                    

feng

Type:
dict
Value:
{('D', 'G'): 4,
 ('E', 'S'): 3,
 ('G', 'G'): 6,
 ('H', 'E'): 2,
 ('I', 'R'): 2,
 ('K', 'G'): 2,
 ('W', 'L'): 4,
 ('W', 'R'): 2,
...                                                                    

fitch

Type:
dict
Value:
{('H', 'E'): 1,
 ('Q', 'O'): 2,
 ('R', 'I'): 2,
 ('S', 'E'): 2,
 ('S', 'N'): 2,
 ('V', 'M'): 2,
 ('W', 'L'): 1,
 ('W', 'R'): 1,
...                                                                    

genetic

Type:
dict
Value:
{('D', 'G'): 1.1000000000000001,
 ('E', 'S'): -2.7999999999999998,
 ('G', 'G'): 4.2000000000000002,
 ('H', 'E'): 0.29999999999999999,
 ('I', 'R'): -1.2,
 ('K', 'G'): -2.2000000000000002,
 ('W', 'L'): -0.29999999999999999,
 ('W', 'R'): 1.8,
...                                                                    

gonnet

Type:
dict
Value:
{('D', 'G'): 0.10000000000000001,
 ('E', 'S'): 0.20000000000000001,
 ('G', 'G'): 6.5999999999999996,
 ('H', 'E'): 0.40000000000000002,
 ('I', 'R'): -2.3999999999999999,
 ('K', 'G'): -1.1000000000000001,
 ('W', 'L'): -0.69999999999999996,
 ('W', 'R'): -1.6000000000000001,
...                                                                    

grant

Type:
dict
Value:
{('E', 'S'): 157,
 ('G', 'G'): 215,
 ('G', 'H'): 175,
 ('H', 'W'): 121,
 ('I', 'R'): 189,
 ('P', 'U'): 117,
 ('W', 'L'): 121,
 ('W', 'R'): 118,
...                                                                    

ident

Type:
dict
Value:
{('D', 'G'): -1,
 ('E', 'S'): -1,
 ('G', 'G'): 6,
 ('H', 'E'): -1,
 ('I', 'R'): -1,
 ('K', 'G'): -1,
 ('W', 'L'): -1,
 ('W', 'R'): -1,
...                                                                    

johnson

Type:
dict
Value:
{('G', 'G'): 8.0,
 ('H', 'E'): -2.2999999999999998,
 ('K', 'G'): -3.5,
 ('R', 'I'): -5.4000000000000004,
 ('S', 'E'): -2.2000000000000002,
 ('S', 'N'): 1.0,
 ('W', 'L'): -1.0,
 ('W', 'R'): -3.7999999999999998,
...                                                                    

levin

Type:
dict
Value:
{('C', 'M'): 0,
 ('G', 'G'): 2,
 ('I', 'R'): -1,
 ('K', 'G'): 0,
 ('S', 'E'): 0,
 ('S', 'N'): 0,
 ('W', 'L'): 0,
 ('W', 'R'): 0,
...                                                                    

mclach

Type:
dict
Value:
{('D', 'G'): 3,
 ('D', 'L'): 1,
 ('E', 'S'): 4,
 ('G', 'G'): 8,
 ('H', 'W'): 3,
 ('K', 'G'): 3,
 ('R', 'I'): 1,
 ('S', 'W'): 3,
...                                                                    

miyata

Type:
dict
Value:
{('D', 'G'): -1.1200000000000001,
 ('E', 'S'): -0.81000000000000005,
 ('F', 'H'): -1.3799999999999999,
 ('G', 'G'): 1.25,
 ('I', 'R'): -1.24,
 ('K', 'G'): -2.29,
 ('W', 'L'): -0.47999999999999998,
 ('W', 'R'): -1.47,
...                                                                    

nwsgappep

Type:
dict
Value:
{('K', 'G'): -0.10000000000000001,
 ('P', 'B'): 0.10000000000000001,
 ('Q', 'G'): 0.20000000000000001,
 ('R', 'I'): -0.29999999999999999,
 ('S', 'E'): 0.20000000000000001,
 ('S', 'N'): 0.29999999999999999,
 ('W', 'L'): 0.5,
 ('W', 'R'): 1.3999999999999999,
...                                                                    

pam120

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 3,
 ('G', 'G'): 5,
 ('K', 'G'): -3,
 ('S', 'E'): -1,
 ('W', 'L'): -3,
 ('X', 'D'): -2,
 ('X', 'M'): -2,
 ('X', 'S'): -1,
...                                                                    

pam180

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 3,
 ('G', 'G'): 6,
 ('K', 'G'): -3,
 ('S', 'E'): -1,
 ('W', 'L'): -3,
 ('X', 'D'): -1,
 ('X', 'M'): -1,
 ('X', 'S'): 0,
...                                                                    

pam250

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 2,
 ('G', 'G'): 5,
 ('K', 'G'): -2,
 ('S', 'E'): 0,
 ('W', 'L'): -2,
 ('X', 'D'): -1,
 ('X', 'M'): -1,
 ('X', 'S'): 0,
...                                                                    

pam30

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 6,
 ('G', 'G'): 6,
 ('K', 'G'): -7,
 ('S', 'E'): -4,
 ('W', 'L'): -6,
 ('X', 'D'): -5,
 ('X', 'M'): -5,
 ('X', 'S'): -3,
...                                                                    

pam300

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 2,
 ('G', 'G'): 5,
 ('K', 'G'): -2,
 ('S', 'E'): 0,
 ('W', 'L'): -2,
 ('X', 'D'): -1,
 ('X', 'M'): -1,
 ('X', 'S'): 0,
...                                                                    

pam60

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 5,
 ('G', 'G'): 6,
 ('K', 'G'): -5,
 ('S', 'E'): -2,
 ('W', 'L'): -4,
 ('X', 'D'): -3,
 ('X', 'M'): -3,
 ('X', 'S'): -2,
...                                                                    

pam90

Type:
dict
Value:
{('B', 'N'): 4,
 ('G', 'G'): 5,
 ('I', 'R'): -3,
 ('K', 'G'): -4,
 ('S', 'E'): -2,
 ('S', 'N'): 1,
 ('W', 'L'): -3,
 ('W', 'R'): 0,
...                                                                    

rao

Type:
dict
Value:
{('G', 'G'): 16,
 ('H', 'E'): 11,
 ('K', 'G'): 7,
 ('R', 'I'): 4,
 ('S', 'E'): 9,
 ('S', 'N'): 11,
 ('W', 'L'): 11,
 ('W', 'R'): 7,
...                                                                    

risler

Type:
dict
Value:
{('G', 'G'): 2.2000000000000002,
 ('H', 'E'): -0.59999999999999998,
 ('K', 'G'): -0.10000000000000001,
 ('R', 'I'): 1.3999999999999999,
 ('S', 'E'): 1.8,
 ('S', 'N'): 1.8999999999999999,
 ('W', 'L'): -0.80000000000000004,
 ('W', 'R'): -0.80000000000000004,
...                                                                    

structure

Type:
dict
Value:
{('D', 'G'): -1,
 ('E', 'S'): -1,
 ('G', 'G'): 5,
 ('H', 'E'): -2,
 ('I', 'R'): -3,
 ('K', 'G'): -3,
 ('W', 'L'): -1,
 ('W', 'R'): -2,
...                                                                    

Generated by Epydoc 2.1 on Thu Aug 10 20:01:13 2006 http://epydoc.sf.net