Pakettien hallinta pitää kirjaa tietokoneellesi asennetuista ohjelmistoista ja mahdollistaa uusien ohjelmistojen asennuksen sekä ohjelmistojen päivityksen ja poistamisen. Kuten nimestä voi jo päätellä, pakettien hallinta käsittelee paketteja, tiedostojen kokoelmia, jotka asennetaan ja poistetaan ryhminä.
Usein paketti on vain jokin yksittäinen ohjelma. Esimerkiksi pikaviestintäohjelma gaim löytyy samannimisestä Debian-paketista. On myös yleistä, että ohjelma koostuu useista toisiinsa liittyvistä paketeista. Esimerkiksi gimp-kuvankäsittelyohjelmaan kuuluu gimp-paketin lisäksi myös gimp-dataaketti. Siihen on myös saatavilla useita valinnaisia lisäpaketteja (sekalaisia datatiedostoja, oppaita jne.). Toisinaan myös useita samankaltaisia ohjelmia on niputettu yhteen pakettiin. Tästä esimerkkinä on paketti fileutils, joka sisältää yleisiä Unix-komentoja kuten ls, cp jne.
Jotkin paketit vaativat toisia paketteja toimiakseen. Debianissa paketit voivat riippua toisista paketeista, suositella tai ehdottaa niitä tai olla ristiriidassa niiden kanssa.
Jos paketti A riippuu paketista B, B on välttämätön, jotta A voisi toimia. Esimerkiksi gimp-paketti riippuu gimp-data-paketista, joka sisältää kuvankäsittelyohjelma GIMP:n tarvitsemia tiedostoja.
Jos paketti A suosittelee pakettia B, niin B mahdollistaa A:lle jonkin toiminnallisuuden, jonka useimmat käyttäjät haluavat. Esimerkiki mozilla-browser-paketti suosittelee mozilla-psm-pakettia, joka lisää Mozilla-selaimeen tuen salatulle tiedonsiirrolle. Mozilla toimii ilmankin tätä, mutta useimmat käyttäjät haluavat mahdollisuuden siirtää luottamuksellista tietoa (kuten luottokorttinumeroita).
Jos paketti A ehdottaa pakettia B, niin B tarjoaa jonkin lisätoiminnallisuuden A:lle, mutta tätä ei useimmissa tapauksissa tarvita. Esimerkiksi kmail-paketti ehdottaa gnupg-pakettia, joka antaa mahdollisuuden salata KMail-ohjelmalla lähetetyn sähköpostin.
Jos paketti A on ristiriidassa paketin B kanssa, näitä kahta pakettia ei voi asentaa yhtä aikaa. Esimerkiksi fb-music-hi-paketti on ristiriidassa fb-music-low-paketin kanssa, koska nämä paketit tarjoavat vaihtoehtoiset musiikit Frozen Bubble -peliin.
Paketinhallintaohjelma tarjoaa käyttöliittymän, joka helpottaa järjestelmään asennettujen pakettien hallintaa. aptitude on tällainen ohjelma, joka on rakennettu apt-kirjaston päälle.